מכונת קוביות הפירות תייצר שאריות של שאריות פירות ומיץ פירות במהלך השימוש, וניקוי קבוע של מכונת קוביות הפירות יכול להאריך את חיי השירות שלה. שיטת הניקוי היא לשטוף את שאריות הפירות ומיץ הפירות במים נקיים, ולאחר מכן לנגב את הלהב ואת גוף מכונת קוביות הפירות במטלית יבשה, ולאחר מכן למרוח שכבה דקה של גריז על להב מכונת קוביות הפירות עם גריז, שיכול למנוע מהלהב של מכונת קוביות הפירות להחליד. אם לא ניתן להשתמש במכונת קוביות הפירות כרגיל, יש לשלוח אותה למרכז שירות תחזוקה מקצועי בזמן לתיקון.
