ביצים מופקות מהקלואקה של תרנגולות מטילות, ומיקרואורגניזמים מעיים מחוברים לפני השטח, ומספר רב של חיידקים פתוגניים נדבקים בסביבה מזוהמת. סקרי דגימה הראו ש-10% מהביצים נשאו סלמונלה על פני השטח, ו-64% מה-E. coli על פני הביצים חרגו ברצינות מהתקן.
מיקרואורגניזמים וחיידקים פתוגניים על פני הביצית יכנסו לביצית דרך אינספור נקבוביות בקליפת הביצה ויתרבו בכמויות גדולות, יפגעו קשות באיכות הביצית ויגרמו נזק לאוכל. הדרך היחידה למנוע זיהום ביצים היא לנקות ולחטא במהירות לאחר ייצור הביצה, להרוג חיידקים מזיקים, להסיר את המזהמים שלהם ולחסל לחלוטין מגוון חיידקים וחומרים מזיקים שהם בלתי נמנעים בתהליך ייצור העופות.